O tratamento das imunodeficiências vai depender de sua classificação.
No caso dos Erros Inatos do Metabolismo, há diferentes recursos terapêuticos aplicáveis nas diferentes doenças que compõem esse vasto grupo. Podemos destacar a reposição de imunoglobulina humana e outros imunobiológicos, o uso de antibióticos preventivos e o transplante de células hematopoiéticas (medula óssea ou cordão umbilical). Já o tratamento das Imunodeficiências secundárias consiste no controle da doença de base, no uso de antimicrobianos e exclusão de causas específicas.
